El sueño se encuentra alterado en la fibromialgia y en el síndrome de fatiga crónica. 

El síndrome de fibromialgia y el síndrome de fatiga crónica suponen un desafío complejo en su diagnóstico y tratamiento. Estos pacientes presentan un cansancio o fatiga fisica persistentes, junto a un sueño no reparador y dolor muscular generalizado, pero ausencia de una enfermedad específica médica o de un trastorno psiquiátrico primario. El síntoma con el que suele acudir el paciente a la consulta del médico es el cansancio. Ya que a este síntoma se le aplican varios significados, es esencial comprender lo que el paciente expresa como «cansado» para que el médico determine qué pruebas pueden ser útiles en el diagnóstico y tratamiento.

Un componente clave de estos síndromes es el sueño no reparador. El primer paso sería determinar los factores contribuyentes. El test de latencias múltiples del sueño permite diferenciar entre el cansancio caracterizado por la extenuación física y el que resulta de la somnolencia incontrolable. La polisomnografía nocturna puede ser útil para descartar trastornos del sueño acompañantes, como la apnea del sueño, el síndrome de piernas inquietas, o los movimientos periódicos de piernas durante el sueño. El electroencefalograma de sueño puede revelar alertamientos no periódicos junto a alertamientos con movimientos o fragmentación del sueño. Los alertamientos periódicos del EEG o un patrón continuo de alertamiento con actividad alfa en el EEG pueden relacionarse con la descripción del paciente de un sueño no reparador.

Los tratamientos no específicos incluyen las aproximaciones conductuales para mejorar la higiene del sueño, como el ejercicio aeróbico o los hábitos alimenticios que ayuden a regularizar los posibles disturbios en ritmos circadianos de sueño – vigilia. Aunque útiles para iniciar y mantener el sueño y por tanto reducir el cansancio diurno, los fármacos hipnóticos tradicionales no proporcionan un sueño reparador ni reducen el dolor. Los antidepresivos tricíclicos (como la amitriptilina o la ciclobenzaprina) pueden mejorar la calidad del sueño pero no reducen el dolor a largo plazo. Dos fármacos aprobados recientemente para el tratamiento de la fibromialgia son la duloxetina, fármaco inhibidor de la recaptación de serotonina y noradrenalina y la pregabalina, agente neuromodulador. No hay estudios sistemáticos que hayan mostrado que el tratamiento del síndrome de piernas inquietas, de los movimientos de piernas durante el sueño o de la apnea del sueño mejoren el sueño no reparador, la fatiga o el dolor en pacientes con síndromes de fibromialgia o de fatiga crónica.

Ambos síndromes son condiciones clínicas crónicas con una gran variedad de síntomas somáticos no específicos, siendo los dos más frecuentes el sueño no reparador y la fatiga intratables. En el síndrome de fibromialgia, las molestias generalizadas musculoesqueléticas son el síntoma diferenciador. Sin embargo, en términos de características clínicas generales y demográficas, ambas condiciones no puede diferenciarse con claridad. Es decir, los síntomas predominantes de una están presentes en la otra.

El trastorno del sueño comoqueja más frecuente ha mantenido estas condiciones dentro del espectro de la medicina del sueño. Es el especialista en enfermedades del sueño el que ha de decidir si existen evidencias de un trastorno primario del sueño que pueda explicar el malestar diurno. La experiencia subjetiva de sentirse cansado suele ser el punto de atención en la evaluación clínica. Este término se usa habitualmente para describir una sensación de experiencia subjetiva molesta y de falta de salud que provoca la consulta al médico. Debe definirse lo que cada paciente quiere decir con este síntoma, ya que el cansancio posee varias acepciones y puede encuadrarse en cualquiera de las siguientes categorías descriptivas:

1. Fatiga central. El individuo describe una extenuación mental con falta de concentración o atribuida a actividades de esfuerzo intelectual. El individuo puede estar desmotivado, aburrido, desinteresado, o harto de alguna tarea en particular. Si la falta de motivación afecta a todos los aspectos de la personalidad, la queja de cansancio puede ser un enmascaramiento de la abulia, que caracteriza un síntoma negativo de la esquizofrenia crónica, o la presencia de una enfermedad degenerativa cerebral (como las enfermedades de Alzheimer, de Parkinson o de Huntington). El término cansancio también se usa en el contexto de un trastorno afectivo, en el que los síntomas adicionales de tristeza, irritabilidad, culpabilidad y disminución de la autoestima pueden indicar un trastorno depresivo mayor. Otros trastornos psiquiátricos con cansancio como síntoma incluyen el trastorno general de ansiedad, trastornos distímicos, y trastornos de conversión somática, incluyendo la neurastenia.
2. Fatiga psíquica. Una sensación de agotamiento físico general o fallo de energía, como resultado de un esfuerzo mental puede ocurrir junto a una enfermedad médica o sin ella. Tales enfermedades, como el cáncer, enfermedades neuroendocrinas, metabólicas, infecciosas o reumáticas o enfermedades con dolor crónico poseen un efecto adverso en la vitalidad. Diversos fármacos, la radiación, y los inmunosupresores puden inducir un agotamiento físico profundo. Por otra parte, cuando no existe evidencia de una enfermedad física o mental primaria y la fatiga se acompaña de un sueño no reparador, tales pacientes pueden ser diagnosticados de síndrome de fibromialgia o de síndrome de fatiga crónica. La fatiga física puede ser mas específica en condiciones de debilidad muscular, incluyendo las enfermedades de la motoneurona tales como la esclerosis lateral amiotrófica, el síndrome postpolio o la miastenia gravis.
3. Somnolencia. El individuo experimenta una urgencia de retornar al sueño, en ausencia de fatiga central o física. Estas personas pueden tratar de evitar las situaciones sedentarias, preferidas por los enfermos de fatiga crónica o de fibromialgia, ya que la inactividad aumenta la propensión a quedarse dormido. Mientras que la fatiga se puede reducir o elimiar hasta cierto punto con el descanso o evitando el trabajo mental, la somnolencia sólo se evita con el sueño.

La literatura aporta confusiones semióticas cuando el término fatiga se usa para describir un empeoramiento operacional en el rendimiento de una tarea (por ejemple, fatiga del conductor) o la somnolencia. Debido a la confusión de la literatura y de los varios significados interpretados por los pacientes, el médico debe de interpretar con cuidado lo que cada paciente quiere decir o se arriesga a prescribir procedimientos diagnósticos caros o innecesarios o bien tratamientos inadecuados.